乡居期间，纪兴学耕，植树造林，并倡建鹿鸣、步云、登瀛、朝天、卧龙等5座桥梁。还提倡宗崇尚勤俭，革除里役私弊，减轻人民负担，做了没少好事。明孝宗即位，郑纪受旨复出，任经筵同考官。礼部会试，有位同考官授意郑纪共同偏袒一位国戚子弟，郑纪断然拒绝。后升任浙江按察司副史。任职间，郑纪“提学奖，拨幽滞，杜绝请谒”，还采取“禁浮屠、毁淫祠，役学地”等措施，努力端正世风。还疏劝孝宗“御经筵、近儒臣，论圣学以正心为妥，”得以采纳。纪一生清廉，常教诲儿子“富贵非可求”。在任国子祭酒时，司礼监陈宽想拉拢他，被他挋绝。学馆里膳费千多两，典簿按照旧规将余银送给郑纪，也被挋绝。同事们为此怀恨，背地里对他诬陷，郑纪一再请求退职。孝宗知其为人，让其改任南京左通政。当时山东正闹饥荒，为救灾民，郑纪不顾个人安危，果断地先将粮谷发放账济，后才奏请皇帝，并言“太监罗兑遗资巨万愿无爱惜，用于赈济灾民”。不久转为太常卿。武宗在东宫行冠礼，郑纪郑纪摘录古今帝王嘉言懿行几百条，并加绘图，提名《圣功图》劝皇太子“当近正人，闻正言，不可与儇薄内侍游”。

　　明初，政府把户籍分为“民户、工户、军户、”三种，军户给予田地，百姓多半死亡，30亩父死子继，累代为兵。那时仙游有6500多户被除数抽充军役的有1500多户。因虎灾、瘟疫和军役为患或流落他乡，人口急剧下降，至永乐以后，全县仅剩1400户。政府仍按明初户数清理军户，征收赋税，弄的鸡犬不宁，百姓苦不堪言。郑纪目睹惨状，致书新任闽按察使庞大参，反应仙游军户情况，要求更正名册。意见的到采纳。

　　郑纪忠言不讳，秉公办事，终受奸党排挤，不得不再度引退，归隐后，他还惦念国事，又上《致仕十九疏》，言“君子立身于天地，惟礼与法二者已。”积极但是导兴礼立法。郑马工文辞，尤长于诗，其文艺工作者章简洁，诗词静美安雅，著有《归田录》、《东园文集》，晚年病终乡里，享年76岁。赠户部尚书。